実験が成立していることを確認するために用いる、必ずポジティブな結果を示す化合物。通常、陽性対照化合物がポジティブな結果を出せなかった時、実験は成立しません。
例）血圧降下剤Aの降圧作用を試験する場合（薬は蒸留水に溶かして飲ませるとします）。実験は、以下の各グループで行います。１）蒸留水のみを飲ませるグループ、２）陽性対照化合物（既知の降圧剤、例えばニカルジピン）を飲ませるグループ、３）血圧降下剤Aを飲ませるグループ。
まずは、グループ１）に対し、グループ２）の血圧が降下するように実験条件を設定します。この条件のもと、グループ１）に対し、グループ３）で血圧が降下するかどうかを確認します。
しかし、新薬の開発の場合は、事情が異なる場合があります。見つかったばかりの新規ターゲット（受容体、酵素）に作用する薬を探すにあたっては、陽性対照化合物が実質存在しません。
この場合、陽性対照を置かずに、手当たり次第に活性がある化合物を探していくことになります（ランダムスクリーニング）。ランダムスクリーニングで活性が高いことが確認された化合物を、仮の陽性対照化合物とします。そして、この仮の陽性対照化合物を基準に、有機合成により様々な化合物を作り、活性を高めていきます（省略しますが、実際は、カウンターアッセイで化合物の特異性などを評価しなくてはいけません）。
そして、比較的活性が高い化合物について、病態モデル動物での評価を行い、化合物がポジティブな結果を示すことを示します。この試験では、陽性対照は存在しない、すなわち新薬＝陽性対照ということになります。
つまり、新薬の開発は、「新たな陽性対照化合物を作り出す」、と言い換えることが出来ます。
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